এর ভিতরে তিনি উর্দু ভাষার অভিধান প্রকল্পে তিনি সম্পাদক হিসেবে কাজ করেন এবং পরে তদানীন্তন পূর্ব পাকিস্তানি ভাষার আদর্শ অভিধান প্রকল্পের সম্পাদক হিসেবে বাংলা একাডেমিতে যোগ দেন।

১৯৬১-১৯৬৪ খ্রিষ্টাব্দ পর্যন্ত তিনি বাংলা একাডেমির ইসলামি বিশ্বকোষ প্রকল্পের অস্থায়ী সম্পাদক হিসাবে কাজ করেন। ১৯৬৩ খ্রিষ্টাব্দে বাংলা একাডেমি কর্তৃক গঠিত বাংলা একাডেমির পঞ্জিকার তারিখ বিন্যাস কমিটির সভাপতি নিযুক্ত হন।

১৯৬৭ খ্রিষ্টাব্দে ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ের প্রথম এমেরিটাস অধ্যাপক পদ লাভ করেন এবং ১৯৬৯ খ্রিষ্টাব্দ পর্যন্ত আমৃত্যু তিনি এই পদে বহাল ছিলেন।
১৯৬৭ খ্রিষ্টাব্দে ফ্রান্স সরকার তাকে সম্মানজনক পদক নাইট অফ দি অর্ডারস অফ আর্টস অ্যান্ড লেটার্স দেয়।

১৯৬৯ খ্রিষ্টাব্দের ১৩ই জুলাই তিনি ঢাকায় মৃত্যু বরণ করেন। তাকে  ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ের শহীদুল্লাহ হলের পাশে সমাহিত করা হয়। ঐ বছর  ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ের তৎকালীন ঢাকা হলের নামকরণ করা হয় শহীদুল্লাহ হল।

মুহাম্মদ শহীদুল্লাহর রচিত উল্লেখযোগ্য গ্রন্থাবলী

• ভাষা ও সাহিত্য
• বাংলা ভাষার ইতিবৃত্ত
• দীওয়ানে হাফিজ
• রুবাইয়াত-ই-ওমর খৈয়াম
• বিদ্যাপতি শতক।
• বাংলা সাহিত্যের কথা(২ খণ্ড)
• বাংলা ভাষার ব্যাকরণ
• বাংলাদেশের আঞ্চলিক ভাষার অভিধান

  ---